Depuis sa création, le QALY est accusé de fonctionner abusivement comme un outil de rationnement. On l’utilise pour hiérarchiser les prestations, entre autres au service national de santé de la Grande-Bretagne. Bien que les doutes s’accumulent en ce qui concerne sa pertinence comme indicateur, le QALY continuera de déterminer les avantages d’interventions médicales, aussi en Suisse. La critique porte sur des éléments méthodiques et éthiques. Pour ce qui est de la méthode, il importe de savoir comment sont perçues les valeurs d’utilité: est-il possible d’estimer par des sondages la valeur que l’on donne à une vie sans problème de santé? A qui poser cette question? A des personnes concernées ou pas ? Qui peut affirmer que des maladies et handicaps réduisent forcément la qualité de vie? Et que faire si une ou un aveugle déclare «Ma vie est belle»?
Il n’y a pas besoin d’être en pleine forme physique et psychique pour profiter de la vie. Le QALY suscite des questions d’un point de vue éthique, car il discrimine systématiquement les personnes malades, handicapées et âgées. Certains problèmes de santé persistent jusqu’en fin de vie, même avec le meilleur traitement médical, ce qui n’empêche pas d’apprécier l’existence. Et pourtant, les calculs QALY suggèrent qu’il vaut moins la peine d’entreprendre une thérapie coûteuse pour les malades chroniques que pour celles ou ceux qui pourraient guérir totalement. Mettre à un niveau identique la santé et la qualité de vie, c’est nier aux personnes malades la capacité d’aimer vivre.